國內目前還沒有漢他病毒流行病學的正式報告，不過台大醫院高全良教授以前使用漢灘病毒抗原所作的螢光抗體檢驗發現，國內的鼠類與人類有百分之四到六有抗體的反應，只是沒有分辨是漢灘或漢城病毒。以國內現有的老鼠種類來看，漢灘與漢城病毒都有可能存在，但可能大多是致病性比較低的漢城病毒，所以台灣本地很少有病例。至於確定病例方面，國內曾經有在中國大陸感染漢他病毒而發作出血熱與肺病症候群的病例，致病的病毒大多是漢灘病毒。
2001年年初花蓮地區出現兩位成人生病猝死與一位兒童罹患類似疾病的事例，根據檢驗結果是漢他病毒感染，檢驗的根據是利用聚合酵素鏈鎖反應偵測到漢他病毒的核酸。值得注意的是此一事件有些與一般經驗不同之處，第一是這些病例都出現所謂的噬血症候群(hemophagocytosis
syndrome)，這種症候群是人體的白血球被病毒感染等因素過度激化，而使它們吞噬自身的紅血球、白血球與血小板等細胞。在過去的漢他病毒感染病例中，很少出現這種情形。無論是出血熱與腎症候群或漢他病毒肺症候群，常見的表現中雖然都有血小板低下，但白血球大多是上升的。此次花蓮出現的病例，卻以白血球低下為主要表現。其次，根據新聞報導，這些病例好像並沒有出血熱、腎臟疾病的表現，而有成人型呼吸窘迫症候群或類似漢他病毒肺症候群的表現，這種病情不同於亞洲地區常見的出血熱與腎症候群。後來根據美國局並管制局的檢驗，認定這次事件並非漢他病毒感染。
