腸病毒可以經由腸胃道或呼吸道傳染,其傳染力始於發病之前幾天,在喉嚨與糞便都有病毒存在。這些病毒在人類的呼吸道可以持續存在三至四週,而在腸胃道則可以持續存在達五至六週之久,所以它們可以經由糞口或飛沫等途徑傳染。腸病毒這種可以在人體長期繁殖的特性,使得我們很難有效地去控制腸病毒的傳染。
一般而言,腸病毒感染在發病後的一週內傳染力最高。它們在家庭之中有很高的傳染率,在流行期甚至可以由汙水中分離出病毒。根據國內對於腸病毒71型的經驗,它在呼吸道的濃度較高,可能是以呼吸道傳染為主要途徑,但是糞口傳染的途徑仍然不可忽視。