一旦出現腦膜炎雙球菌感染病例，所以親密接觸者都需要使用預防性抗生素以避免發病。使用的預防性抗生素為rifampin，劑量為每次每公斤10毫克，最多600毫克，每天口服兩次一共兩天。盤尼西林無法去除鼻咽部的帶菌狀態，所以即使已經接受盤尼西林治療，仍需要口服預防性抗生素。
腦膜炎雙球菌已經有疫苗可以預防，但因為B血清群對於免疫系統沒有多少刺激作用，所以現在可用的疫苗只包含A、C、W135與Y等四種血清群。這種疫苗在兩歲以下無效，在流行地區可以使用，大陸也將這種疫苗列入常規接種項目之一。台灣並非流行地區，所以只有要去流行地區旅行的時候才需要考慮，值得注意的是英國最近有流行的現象，台灣本地也需要持續監視疫情動向。
