自從有了顯微鏡的發明以後，我們已經知道「細胞」是構成人體的最小單位。我們的人體總共約有六十兆個細胞。形態、功能相同的一群細胞集合在一起就成為「組織」，如「神經組織」、「肌肉組織」或「脂肪組織」等等就是。幾個功能目標相同或相類似的組織結合起來，就成為「器官」，如「胃」、「肝臟」、「心臟」、「腎臟」、「子宮」或「膀胱」等等。而幾個功能目標相同的器官組織組合起來就成為「器官系統」，如「食道」、「胃」、「小腸」、「大腸」集合起來，專門執行跟消化有關的工作、功能，就叫做「消化系統」。
在醫學上，疾病的分類，可依照各患病器官的功能性的相同粗略分為十三種類型器官系統。但習慣上「新生兒」和「小孩子」的疾病與「成人」不全然相同，因此把新生兒和小孩的疾病分出成為「小兒」疾病。「五官」和「牙齒」也可明顯做區別出來，因此各分出成為「眼」、「耳鼻喉」、「牙齒」的疾病。「婦科」的器官又因比較特殊，也分出成為「婦產」科疾病，「外傷」和須動手術的疾病則特別分出成「外科」和「骨科」疾病，此外還有「精神」疾病也是屬於另一個領域，而「麻醉科」、「臨床診斷科」也是特殊的領域。這些都是西洋醫學基本的分類法，近來各種醫學診斷治療技術進步，有很多疾病已很難清楚地給予區分是屬於哪一科的疾病，也有一種疾病跨屬於幾個科別。另外，現在有很多利用內視鏡所做的手術也可以由內科醫師或放射線科醫師來執行，腎臟、泌尿系器官的疾病有時也很難說一定要由腎臟科或泌尿科的醫師來處理。腦血管障礙所引起的腦神經疾病，是血管的疾病同時又是腦神經科的疾病，因此主治這兩種疾病的醫師都可以也要合作來處理。不過習慣上還是依不同功能系統將身體各部份分為十三個系統，除了將外科、婦產科、骨科、五官科、精神科疾病分出後，各系統的疾病再依年齡分為小兒科和內科疾病來處理、診治；而上述各科又分成許多“次專科”，如神經外科、直腸外科、新生兒科、肝膽外科 ...等等。而現在因次專科醫學知識和技術的高度發展，有很多疾病都需要各次專科醫師合作來做診斷、治療。
包括食道、胃、小腸（十二指腸、空腸、迴腸）、大腸
（上行結腸、橫行結腸、下行結腸、乙狀結腸、直腸）、肝、膽、胰臟等器官的
疾病。如胃炎、胃癌、食道炎、食道癌、胃潰瘍、十二指腸潰瘍、大腸炎、大腸
癌、肝炎、肝癌、胰臟炎、胰臟癌、膽囊炎、膽囊癌、膽囊結石、膽囊息肉、膽
管結石等疾病。
包括心臟、各大小血管等器官的疾病。如高血壓、各種先天性心臟病等疾病。
包括肺臟、支氣管、氣管等器官的疾病。如肺炎、肺癌、氣喘、支氣管炎、等疾病。
包括腎臟、輸尿管、膀胱、攝護腺、睪丸、副睾丸、尿道等製造尿液及排泄尿液系
統和男性生殖器系統的疾病。腎臟疾病（急性腎炎症候群、慢性腎炎症群、腎症症候群、腎衰竭）、腎結石、輸尿管結石、膀胱炎、
攝護腺肥大、尿道炎、尿失禁等疾病。
腦下垂腺、腎上腺、甲狀腺、性腺等器官的疾病。通常以甲狀腺的疾病較多。
如糖尿病、痛風。
腦和中樞及末梢神經的疾病。如腦血管障礙、腦瘤、神經炎、顏面神經痲痹、不安神經症、精神病等。
肌肉、骨骼、關節的疾病。如骨折、骨瘤、肌炎、關節炎、骨骼疏鬆症等。
過敏和免疫異常的疾病。如氣喘、過敏性鼻炎、愛滋病、膠原病（全身性紅斑性狼
瘡、風濕性關節炎、硬皮症、乾燥症候群、皮膚肌炎、多發性肌炎、混合性結締組
織病等）
構成血液成分的紅血球、白血球、血小板和淋巴球及淋巴系統的疾病。例如貧血、
白血病、血小板減少症、惡性淋巴腫等疾病。
包括病毒、細菌及寄生蟲的全身性感染或局部感染的疾病。如登革熱、瘧疾、麻
疹、德國麻疹等。
皮膚的疾病。如濕疹、皮膚炎、蕁麻疹、皮膚感染症等疾病。
如無月經、陰道炎、子宮肌瘤、卵管炎、子宮頸癌、乳癌等。
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